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为了加强皇权，康熙帝成立南书房，旨在分散议政王大臣会议的权力。雍正七年（1729年），因用兵西北，始于隆宗门内设置军机房，选内阁中谨密者入值缮写，以为处理紧急军务之用，辅佐皇帝处理政务。雍正十年（1732年），改称“办理军机处”，简称“军机处”。军机处的大臣由皇帝挑选，由内阁大臣兼任，他们直接听命于皇帝，跪受笔录，他们的活动都是在皇帝的监督下的，旨意完全是按皇帝的话记录的。

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雍正帝设立军机处，就有了固定助手，可以及时处理政事了，所以他的权力比明太祖还要集中，以前的其他帝王的权力更没法与他相比，他是真正的集权力于一身，总理天下庶务。军机处的设立是清代中枢机构的重大变革，标志着清代君主集权发展到了顶点。

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雍正初年，重用年羹尧和隆科多。年羹尧先后被任命为川陕总督、抚远大将军，赴青海征讨厄鲁特罗卜藏丹津叛乱，成功后封为一等公，成为实际的西北王。隆科多为吏部尚书、步军统领、兼理藩院，赐太子太保衔，被雍正帝尊称为“舅舅”。两人都显赫异常，但未过几年，即被雍正整肃。年羹尧令自裁，隆科多被禁死，同时雍正帝兴起文字狱打击两人势力（汪景祺案和钱名世案）

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雍正帝重视吏治。雍正赏识执法严，作风雷厉风行，严猛行政，有开拓气魄，政绩显著的官员。如田文镜、李卫在河南、浙江清查钱粮做得好，被誉为“模范督抚”。雍正一朝宠信四位臣工：李卫、田文镜、张廷玉、鄂尔泰；其中李卫和张廷玉为汉人，田文镜为汉军旗人，足见雍正帝确实了解并重用汉人

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雍正帝即位之初就发布上谕说：“闻有侥幸之徒，平昔结党营私，至积场年份，互相接引请托，遇谨守之人畏法，不肯通同作弊，反群相排抵，飞语诬陷，此风断不可长。”雍正二年（1724年）更是专门发布了《御制朋党论》，来分析朋党的危害，要求臣下不可结成朋党，要惟知有君，与君同好恶。

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雍正帝即位后，以允禩、允禟等人为代表的反对势力及其朋党集团成为他统治下的心腹大患。因此他信守除恶务尽，以极其狠毒的手段一一将他们致于死地。除此之外，雍正初年，拥戴雍正帝有功的年羹尧、隆科多等人的势力也迅速膨胀起来。雍正帝担心他们有不测之心，在对允禩党人斗争的同时，又果断地收拾了年羹尧、隆科多集团。对这两大朋党势力的斗争成了雍正初年政治生活的重心

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雍正帝公布的年、隆的一系列罪行中，一个重要的方面便是“贪婪之罪”（年羹尧贪墨之罪十八，隆科多贪婪之罪十六）。雍正帝把他们这方面的罪恶大事张扬，就使得对他们本人及其党羽的惩处显得更为“名正言顺”，这同时对吏治的整顿是巨大的推动。通过剪除允禩、允禟、年羹尧、隆科多的羽翼，从中央部院大臣到地方督抚布按、武官提镇一级进行频繁的更调，其中确有一批趋炎附势的贪酷之吏因他们的主子失势失宠而堕入法网。这就使得雍正帝即位之初，统治阶级上层腐朽势力与允祺、年、隆等人一起首先感受到了沉重的打击。[85]

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雍正四年（1726年），发生了田文镜与李绂互参案。在李绂、田文镜互参案中，雍正帝虽然对田文镜有所袒护，但此时还并没有要打击李绂的意思，他更多的是持一种调和的态度。同年冬，浙江道监察御史谢济世弹劾田文镜结党营私有负圣恩、并且贪虐不法，一共有十大罪状，并且言语涉及到被田文镜弹劾的黄振国、邵言纶、汪諴，还有包庇张球罪状的事，与之前李绂说的不谋而合。雍正帝听了之后以为谢济世与李绂结党，下诏严厉斥责谢济世等，剥夺了谢济世的官职，发配到军中，黄振国、汪諴被处死，邵言纶被发配边境

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接连发生的汪景祺案，李绂、田文镜互参案，查嗣庭案和谢济世案，使雍正帝认识到本朝的科甲士人之间不但存在着很严重的请托、庇护的现象，而且还有人对清朝的统治政策和自己的统治方针心存不满。于是便以打击科甲朋党为名，对科甲士人发动了大规模打击。其中谢济世案后为第一个高潮。雍正七年（1729年），谢济世在阿尔泰承认与李绂的交往后，为第二个高潮

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鉴于康熙帝在预立太子问题上的失败，雍正帝于元年（1723年）八月宣布秘密立储法——将他的继承人弘历的名字写好，雍正帝御笔《夏日泛舟诗》轴放匣中，置于乾清宫“正大光明”匾后，驾崩后从匣中取出宣读。又以密旨藏于内府，以备核对

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秘密立储制，即皇帝在位时不公开宣布继承人，而将写有继承人名单的一式两份诏书分别置于乾清宫“正大光明”匾额后和皇帝身边，待皇帝去世后，宣诏大臣共同拆启传位诏书，确立新君。这样使得使皇位继承办法制度化，也在很大程度上避免了康熙帝晚年诸皇子互相倾轧的局面

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正雍正帝继续执行清朝的扩张政策。康熙帝三征噶尔丹，噶尔丹之侄策妄阿拉布坦于雍正元年（1723年）支持青海和硕特部首领罗卜藏丹津纠集二十万人进攻西宁反清，雍正帝命年羹尧、岳钟琪率兵讨伐，大胜，青海完全归入清朝版图。
雍正五年（1727年），策妄阿

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雍正五年（1727年），策妄阿拉布坦死，其子噶尔丹策零继汗位，准噶尔开始出现内乱。雍正帝决心乘机用兵西北，他认为噶尔丹策零势力“若不迅行扑灭，将来必为蒙古之巨害，贻中国之隐忧”。雍正九年（1731年）清军在和通淖尔之战中大败。

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准噶尔军乘胜挺进喀尔喀，切断北路军台，清廷震动。雍正帝为对付准噶尔，调集东三盟兵丁守备乌尔会河，并派官员赴察哈尔牧地统计男丁，扩编军队[100] ，同时下达扩充沿边绿旗的谕旨。此举有多重目的：首先是军务吃紧，提防准噶尔南下；其次是防备边外蒙古尤其是察哈尔的潜在威胁，清朝一边整编察哈尔人丁，一边添设绿旗和修补边墙，暗含“以汉制蒙”的寓意；三是保护为躲避准噶尔侵扰而从外蒙古南迁多伦诺尔驻锡的哲布尊丹巴。[99]

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次年，清军在额尔德尼昭之战中得胜，双方罢兵议和。雍正时代，平定西北的任务尽管没有完成，但雍正帝对这一问题的认识却是深刻的。[35]